На носителе
В качестве носителя может использоваться flash накопитель (USB-устройство), жесткий диск (HDD / SDD), CD или DVD диск, так же можно в качестве носителя использовать память телефона,— если в телефоне есть функция использования внутренней памяти телефона как внешний диск.
На зашифрованном носителе
Различного рода flash накопитель (USB-устройство), в котором располагается защищенный микроконтроллер с энергонезависимой памятью. Микроконтроллер предназначен для выполнения криптографических преобразований данных, а в памяти хранятся данные пользователя (пароли, сертификаты, ключи шифрования и т. д.).
Облачное хранилище
Облачное хранилище весьма неоднозначное решение: с одной стороны, Вы получаете доступ ЭЦП с любого устройства в любой точке земного шара, где есть интернет, с другой стороны, учитывая, что вся идея ЭЦП заключается в максимальной защите подписанта от неконтролируемого использования его сертификата и подписания за него юридически значимой документации, надёжный криптографический способ подменяется простым паролем, одноразовым кодом или чем-то подобным, а по сути: в простую ЭП, которую Вы используете для получения доступа к месту хранения зашифрованного носителя. Для того, чтобы максимально обезопасить использование ЭЦП в таком виде, что безусловно весьма удобно, необходимо обязательно подключать, например, дополнительную идентификацию (например, смс-информирование с паролем для входа облачное хранилище).